El Doctorado BEMARENA sostiene una serie de vínculos de colaboración (la mayoría por convenio) con instituciones académicas, dependencias gubernamentales y organizaciones no gubernamentales, a través de proyectos de investigación, intercambio de académicos, movilidad de estudiantes, proyectos de tesis, y publicaciones conjuntas, entre otros.
Algunos de los vínculos vigentes que tenemos son:
Academia de Ciencias de Polonia
CENEXA, Universidad Nacional de La Plata, Argentina
Centro de Investigaciones Pesqueras de Cuba
Instituto de Ciencia y Tecnología Ambiental de la Universidad Autónoma de Barcelona, España
Instituto de Estudios de Desarrollo (IUED) de la Universidad de Ginebra, Suiza
Museo de Historia Natural de Santa Bárbara, California
National Centre of Competence in Research (NCCR) Norte Sur, Suiza
Universidad de Antofagasta, Chile
Universidad de Arkansas, EUA
Universidad de Barcelona, España
Universidad de Carolina del Norte, EUA
Universidad de Ciencias Aplicadas de Weihenstephan, Alemania
Universidad de La Habana, Cuba
Universidad de Oviedo, España
Universidad Las Palmas de Gran Canaria, España
Universidad de Washington, EUA
Universidad de Wisconsin - Madison, EUA
US National Herbarium (US), Department of Botany, Smithsonian Institution, Washington, EUA
Texas A&M University, EUA
Centro de Investigaciones Avanzadas (CINVESTAV) del IPN
Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste (CIBNOR)
Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada (CICESE)
Colegio de Postgraduados, Estado de México
Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR)
Instituto de Ecología, A.C.
Instituto Politécnico Nacional (IPN)
Instituto Tecnológico de Tlajomulco, Jalisco
Universidad Autónoma de Chapingo
Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo
Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM)
Universidad Veracruzana
Centro de Asistencia en Tecnología y Diseño del Estado de Jalisco (CIATEJ), Jalisco
Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP)
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)
Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias (INIFAP)
Junta Intermunicipal para la Cuenca Baja del Río Ayuquila (JIRA)
Secretaría de Desarrollo Urbano y Medio Ambiente (SEDUMA), Quintana Roo
Secretaría de Medio Ambiente para el Desarrollo Sustentable (SEMADES), Jalisco
Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT)
Secretaría de Turismo del Gobierno del Estado de Jalisco
Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo A.C.
Centro Internacional de Mejoramiento de Maíz y Trigo (CIMMyT), FAO, Texcoco, Estado de México
Comité Sistema Producto Pargo de Jalisco, A.C.
Fundación Instituto de Estudios Avanzados (IDEA), Caracas Venezuela
Monsanto Comercial SA de CV
Pioneer de México, SA de CV
Pioneer Hi-Bred International, USA
Tequila Sauza, SA de CV