La Universidad de Guadalajara, el Departamento de Estudios para el Desarrollo Sustentable de Zonas Costeras y los profesores del Núcleo Académico Básico de la maestría ECoMaR, sostienen y han sostenido una serie de vínculos de colaboración (por convenios institucionales y acuerdos de colaboración) con instituciones académicas, dependencias gubernamentales y organizaciones no gubernamentales, a través de proyectos de investigación, intercambio de académicos, movilidad de estudiantes, proyectos de tesis, y publicaciones conjuntas, entre otros. Estos vínculos serán utilizados por la Maestría ECoMaR para fortalecer el trabajo de colaboración con instituciones extranjeras y nacionales académicas, gubernamentales y no gubernamentales. Entre ellos, se destacan el Canadian Rivers Institute, Universidad de New Brunswick, Canadá, Universidad de La Coruña, España, Universidad de La Habana, Cuba, Instituto Politécnico Nacional- CICIMAR, Baja California Sur, Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada (CICESE), BC, CONABIO, CONANP, INECC, CONAPESCA, Federación Regional de Sociedades Cooperativas de la industria pesquera del Estado de Jalisco (afiliada a Confederación Nacional Cooperativa Pesquera, Sociedad Cooperativa de Producción Pesquera de Ribera "Melaque", y ayuntamientos de los municipios costeros del Estado de Jalisco, entre otros.
