Biosistemática es un campo unificador de la biología que estudia la diversidad de la vida, en particular las relaciones evolutivas entre los organismos. Sus principales objetivos son identificar, describir, nombrar, clasificar y determinar relaciones entre organismos. La biosistemática incluye a la taxonomía (reconocimiento), filogenética (relaciones evolutivas), clasificación (patrones evolutivos) y taxagenética (procesos responsables del origen y adaptación). Diferentes fuentes de evidencias (morfológica, anatómica, citológica, embriológica, filogenética, evolutiva, genética, molecular, química, fisiológica, ecológica, paleobiológica y biogeográfica) son usadas para evaluar relaciones entre los organismos utilizando enfoques descriptivo-observacional, comparativo, analítico-experimental y sintético-teorético.
La biodiversidad es interpretada por Wilson (1988) como un concepto holístico. Este concepto es usado como un nuevo paradigma ligado a un proceso irreversible, que es la extinción local y global de especies. Ehrenfeld (1988) refuerza la idea del valor de la biodiversidad en su conjunto y argumenta que el hecho de que la diversidad esté considerada como en peligro, es en su propio derecho. Todas las especies son importantes, independientemente de conceptos antropocéntricos (Naess, 1973). Otro enfoque incluye los casos en que se involucra la idea de estrategias necesarias para preservar variación, con base en la valoración de los procesos de los ecosistemas, en los que se persigue asegurar el mantenimiento y continuidad evolutiva de estos sistemas y por lo tanto de toda la biodiversidad (Takacs, 1996). Wilson (1988) captura la idea de una frontera del futuro, presentada como un prospecto de una variedad desconocida y con usos que no pueden ser anticipados. Es decir, es vista como un símbolo de nuestra falta de conocimiento de los componentes de la variación de la vida y de su importancia para la humanidad (Takacs, 1996). Estos argumentos sugieren que el núcleo de los valores de la biodiversidad tiene una base mayor en lo que no conocemos, que en lo que conocemos. La biodiversidad puede percibirse como un doble reto, el de contener una variabilidad desconocida y el de contar con un valor desconocido. Los usos futuros anticipados y valores de lo desconocido han sido considerados como una idea de valor opcional y se han incorporado en la Estrategia Mundial para la Conservación (UICN, 1980). Estos corresponden a valores desconocidos de especies conocidas pero también a valores desconocidos de especies desconocidas (u otros componentes de variación). Este concepto es central, porque liga variabilidad y valor, estimando y cuantificando la gran variación de biodiversidad, así como los valores opcionales correspondientes a la misma. Entonces, la biodiversidad es la variedad de todas las formas de vida, genes, especies, comunidades y ecosistemas, los que por si mismos constituyen un medio para medir y comparar valores opcionales. Este enfoque unificador no desecha otros valores posibles de biodiversidad (aquellos basados en procesos tales como la resiliencia de ecosistemas, o los valores funcionales de las especies), y facilita la integración de los valores opcionales de biodiversidad con muchos otros valores.
México es extraordinariamente rico biológicamente; su riqueza se expresa en diversos ecosistemas y numerosas especies con una amplia variabilidad genética. El complejo escenario geográfico que alberga su extraordinaria diversidad biológica es producto, entre otras cosas, de la historia geológica, el clima y la topografía (Rzedowski, 1998). Una gran proporción del país es árido pero también hay grandes cadenas de montañas con extensos bosques templados y tropicales, además existen más de 10,000 km de litorales. México se ubica entre los cinco primeros países “megadiversos”, que albergan entre 60 y 70% de la diversidad biológica conocida del planeta. La diversidad de especies de México representa aproximadamente 12% del total mundial (CONABIO, 2006). Es además, junto con China, India, Perú y Colombia, uno de los cinco países con mayor variedad de ecosistemas. Una de las características más importantes de su diversidad biológica son los endemismos. Se estima que aquí han evolucionado unas 15,000 especies de plantas (50% de las especies conocidas de México hasta ahora) que son endémicas del país. Cabe hacer notar que para algunas familias de plantas como las cactáceas, esta cifra es hasta del 83%.
México es un país con características fisiográficas y ecológicas de gran relevancia desde una perspectiva global de conservación de diversidad biológica. En él se encuentran los principales biomas terrestres y marinos, desde páramos de montaña hasta manglares costeros, incluyendo desiertos y bosques tropicales húmedos. En México se encuentra la transición de los reinos biogeográficos Holártico y Neotropical, donde las montañas mexicanas han sido barreras para la dispersión de la biota Neotropical y corredores de penetración para la biota Holártica. Esta mezcla de elementos de distintos orígenes biogeográficos ha dado lugar a la formación y existencia de comunidades bióticas únicas. Así mismo, las partes altas de las montañas mexicanas presentan características de insularidad, con comunidades consideradas relictos del Pleistoceno y aún del Terciario, con alto endemismo y altas tasas de especiación.
La flora de México es sumamente rica y consiste hasta ahora de 220 familias, 2,410 géneros y 22,000 especies (Villaseñor, 2003); sin embargo, la estimación general es que la flora total debe estar en el orden de las 30,000 especies, lo que ubica a México entre los principales países más diversos del planeta, con el 10% de la flora mundial, y el cuarto en el Neotrópico. Esta riqueza biológica es superior a la de China, Rusia, o la de Estados Unidos de Norteamérica y Canadá juntos, países con una extensión territorial mucho mayor que la República Mexicana. México alberga el mayor número de especies de pinos, encinos, magueyes y cactáceas en el mundo; es considerado como centro de diversificación de géneros como Zea, Phaseolus, Salvia, Eupatorium y Agave, entre otros (Cuevas et al., 1997).
La fauna mexicana es también muy diversa. México sostiene el mayor número de especies de reptiles en el mundo y es el segundo con mayor diversidad de mamíferos (11.4% del total de especies conocidas). El país alberga más del 14% de las especies de peces a escala mundial, así como el 11% de las aves y el 8% de los anfibios. Las 36 especies de mamíferos marinos del país, representan 42% de las especies de este grupo en el planeta. Aproximadamente la mitad de las especies de reptiles, anfibios y peces dulceacuícolas son endémicas, así como un tercio de las especies de mamíferos. Por estas razones México ha sido categorizado entre los seis países con mayor diversidad biológica del mundo, conjuntamente con Colombia, Brasil, Zaire, Madagascar, e Indonesia, y por tanto uno de los más importantes para la conservación de especies en el planeta.
Jalisco ocupa el cuarto lugar en biodiversidad nacional, después de Oaxaca, Chiapas y Veracruz. Alberga el 80% de los tipos de vegetación existentes en el país y aproximadamente el 30% de la flora mexicana ya registrada, con más de 7,000 especies de plantas vasculares. Es el segundo estado más diverso en lo que se refiere a especies del género Quercus, y uno de los que presentan más especies de Pinus y Agave. Con más de 550 especies de aves y 173 especies de mamíferos, el estado prsenta el 55% y 39% de estos grupos en el país. Como entidad política es importante para la conservación en la escala mundial, ya que incluye el 3.2%, 6.1%, y 4.3% de las especies de plantas, aves y mamíferos en el planeta, respectivamente.