* 1992-a la fecha. Silvicultura de Encinos en Cerro Grande, Sierra de Manantlán (Financiamiento Universidad de Guadalajara, DFID-UK).
* 2008 a la fecha. Dinámica espacio-temporal de ecosistemas subtropicales de montaña: el caso particular de los pinares en el Centro-Occidente de México (Financiamiento Universidad de Guadalajara).
* 2008 a la fecha. Dinámica de la vegetación a largo plazo en el centro occidente de México: La dimensión humana y climática en el Holoceno Tardío (Financiamiento Conacyt Ciencia-Básica 2008-proyecto 10635).
* 2008 a la fecha. Cambios en la vegetación y acción antrópica en un bosque montano del Occidente de México durante el Holoceno Tardío (Financiamiento Coecytjal-proyecto 5-2010-875).
* 2014 a la fecha. Historia climática y ecológica de bosques neotropicales: un enfoque filogeográfico y paleoecológico (Financiamiento Cátedras Conacyt proyecto 1936).
* 2011 a la fecha. Impacts of global environmental changes on mangrove ecosystems of the American Tropics: implications for coastal vulnerability and sustainability (Financiamiento Universidad de Guadalajara).
