El Centro de Estudios de la Costa fue creado en el año de 1991 como una dependencia descentralizada de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad de Guadalajara, con sede en San Patricio-Melaque, municipio de Cihuatlán, Jalisco. En el año de 1994, al ser transferido desde el Centro Universitario de Ciencias Biológicas y Agropecuarias, al Centro Universitario de la Costa Sur, con sede en Autlán de Navarro, Jal., el Centro de Estudios de la Costa se convirtió en el Centro de Ecología Costera, quedando adscrito al Departamento de Ecología y Recursos Naturales, al que también pertenece el Instituto Manantlán de Ecología y Conservación de la Biodiversidad. Las principales líneas de investigación que ha desarrollado el Centro de Ecología Costera son: Oceanografía y Ecología Marina, Pesquerías, Acuicultura, Conservación de Tortugas Marinas y Aves, y Gestión Ambiental. Participa en dos orientaciones terminales de las licenciaturas en Biología, del Centro Universitario de Ciencias Biológicas y Agropecuarias, y en la de Ingeniero en Recursos Naturales y Agropecuarios del Centro Universitario de la Costa Sur. A nivel posgrado oferta el “Diplomado Internacional en Manejo Integrado de Zona Costera”, en el cual participan instructores de la Universidad de Dalhousie en Canadá, y de la Universidad de La Habana, en Cuba, además de la Secretaría del Medio Ambiente Recursos Naturales y Pesca, el Colegio de México y la propia Universidad de Guadalajara. Dicho seminario es el primer paso para la creación de una Maestría en Manejo Integrado de Zona Costera, que se espera iniciar en el año 2001. Su área de influencia comprende seis municipios de las costas de Jalisco y Colima, desarrollando actividades de conservación de recursos naturales (como el caso de las tortugas marinas), estudio y manejo de recursos pesqueros, acuicultura, y manejo integrado de la zona costera.

Para apoyar y fortalecer el desarrollo de sus distintas actividades, el CEC ha gestionado el convenios de colaboración con diversas instituciones, dependencias gubernamentales, ayuntamientos, iniciativa privada y grupos sociales. Cabe destacar los casos del Instituto Nacional de Ecología y el Instituto Nacional de la Pesca, ambos de la Secretaría de Medio Ambiente, Recursos Naturales y Pesca (SEMARNAP), la antigua Secretaría de Pesca (SEPESCA), la Universidad de la Habana (Cuba), el Ayuntamiento de Tomatlán (Jal.), la Fundación SIDEK, A.C., el Fondo Mexicano para la Conservación de la Naturaleza, A.C., el Comité Nacional para la Protección y Conservación de las Tortugas Marinas, la Sociedad Cooperativa de Producción Pesquera "La Cruz de Loreto", entre otros. La vinculación externa a la Universidad no solo se ha dado a través de la firma de convenios, ya que se han prestado diversos servicios de asesoría principalmente a grupos de productores y la iniciativa privada. Todas las actividades de extensión del CEC se encuentran enmarcadas dentro de los objetivos del programa ACUDE (1995-2001) de la Universidad de Guadalajara.

Por las características de su plantilla académica, la naturaleza y complejidad de sus programas de docencia, investigación y extensión, las dimensiones de su infraestructura y los recursos financieros que ejerce anualmente, el Centro de Ecología Costera supera las características que la normatividad universitaria establece para un Centro de Investigación, y en la práctica, viene desempeñando las funciones de un departamento.