Un elemento muy importante para la formación de los alumnos en los campos disciplinares de la ecología y el manejo de recursos naturales es la Estación Científica Las Joyas (ECLJ) de la Universidad de Guadalajara, así como otras áreas de la Reserva de la Biosfera Sierra de Manantlán (RBSM), a las que se tiene acceso académico gracias al trabajo que el DERN ha desarrollado durante más de 20 años y a la colaboración con la Dirección de la RBSM de la CONANP. En estas áreas (en particular la ECLJ), se puede desarrollar investigación biológica y ecológica de largo plazo, esencial para muchas tesis de posgrado. La ECLJ, de 1,245 ha, cuenta con el aula “Hugh Iltis” y el laboratorio de ecología “Gonzalo Halffter Salas” para procesamiento de muestras en campo. Se tiene además comedor, servicios sanitarios y dormitorios para 30 visitantes de corto plazo y 15 investigadores y estudiantes en estancias de mediano o largo plazo. El personal incluye al Jefe de la Estación, un asistente, tres cocineras y siete trabajadores de campo que pueden apoyar tanto en las labores de mantenimiento, vigilancia y protección del área, como directamente en los proyectos de investigación, previo acuerdo con el Jefe de la ECLJ.