El Centro Universitario de la Costa Sur (CUCSUR) cubre una superficie de 52,000 m2, de los cuales 23,000 m2 son de construcción. Cuenta con 13 edificios para realizar actividades administrativas, docencia, investigación y vinculación, incluyendo infraestructura exclusiva (CUCSUR II) para el desarrollo de los programas de posgrado. El CUCSUR II cuenta con aulas equipadas para impartir la docencia, cubículos para profesores y alumnos y un laboratorio de usos múltiples. Se cuenta también con un laboratorio de cómputo especializado y un servidor dedicado exclusivamente al programa de la Maestría. Además, se cuenta con un sistema de recepción y transmisión de videoconferencias interactivas disponible en varias salas del centro universitario.
El programa cuenta con la infraestructura física del Departamento de Ecología y Recursos Naturales y del Centro Universitario de la Costa Sur, dependencia de la Universidad de Guadalajara que es sede del presente programa educativo.
El Departamento de Ecología y Recursos Naturales tiene destinadas para uso general y para la comunidad académica del programa de Maestría en Ciencias en Manejo de Recursos Naturales, las siguientes instalaciones:
-Aulas exclusivas para cursos de posgrado.
-Cubículos para estudiantes de posgrado y profesores huéspedes.
-Colecciones biológicas: Herbario “Zea” y Colección Zoológica.
-Laboratorio de docencia y posgrado.
-Laboratorios de cómputo y sistemas de información geográfica.
-Área para proceso de ejemplares biológicos, así como muestras de suelo y agua.
-Estación Científica Las Joyas y otras áreas de la Reserva de la Biosfera Sierra de Manantlán, gracias a la colaboración con la Dirección de la RBSM de la CONANP.
-Equipo y materiales para el desarrollo de prácticas de campo y muestreos.
-Vehículos para trabajo de campo.